Le conseil d'administration est une assemblée décisionnelle composée de 23 membres représentants des élus locaux, des personnels de l'hôpital et représentants des usagers :

- 6 représentants des conseils municipaux de Foix et de Pamiers,
- 1 représentant du conseil général,
- 1 représentant du conseil régional,
- 4 représentants du personnel médical de l'hôpital,
- 3 représentants du personnel non médical de l'hôpital,
- 1 représentant de la commission du service de soins infirmiers,
- 3 personnalités qualifiées nommées par le préfet,
- 3 représentants des usagers,
- 1 représentant des familles de personnes accueillies en unité d'hébergement pour personnes âgées.

La présidence de ce conseil d'administration est organisée selon le principe d’une alternance annuelle entre un représentant du conseil municipal de la ville de Foix - le docteur Jean-Noël FONDERE, maire - et un représentant du conseil municipal de la ville de Pamiers, monsieur le Dr. CLARAC, maire adjoint.
En 2009, la présidence est assurée par le docteur CLARAC.

Le directeur est chargé de la direction générale de l'hôpital.
Depuis le 8 janvier 2007, l’organisation du centre hospitalier du val d'Ariège s’inscrit dans le cadre de la nouvelle gouvernance prévue par l’ordonnance n°2005-406 du 02 mai 2005 simplifiant le régime juridique des établissements de santé. Ce dispositif se caractérise notamment par un redécoupage des structures internes en pôles d’activité.

Les services administratifs sont également concernés. Ils sont organisés comme suit :
- le pôle de la stratégie et des finances,
- le pôle des ressources humaines, des soins et des formations,
- le pôle de la qualité, de la sécurité et des prestations logistiques, hôtelières et techniques
- le pôle des objectifs de santé,

et comportent également :
- le service communication,
- les affaires juridiques,
- le secrétariat général,
- la certification qualité et gestion des risques.

- la commission médicale d'établissement (CME) présidée par M. Jean-Bernard POUX, est composée des représentants des personnels médicaux. Elle définit notamment les orientations médicales,

- le comité technique d'établissement (CTE) est l’instance représentative des représentants du personnel non-médical,

- la commission du service de soins infirmiers (CSSI), constituée des différentes catégories du personnel soignant,

- le comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail (CHSCT),

- le comité de lutte contre les infections nosocomiales (CLIN), présidé par le dr. Caroline Pinganaud. Sa mission principale est de définir la politique de lutte contre les infections nosocomiales.