L’activité clinique et médico-technique du CHIVA était organisée en douze départements depuis décembre 2000.
Cette organisation avait pour finalité d’améliorer le fonctionnement de la structure et de faciliter la prise en charge des patients. Ces objectifs ont été partiellement réalisés, mais le périmètre des départements s’est parfois avéré trop réduit.

Forte de ce constat, la communauté médicale, s’appuyant sur l’ordonnance du 2 mai 2005, s’est prononcée pour une évolution des départements qui, par regroupement, deviendraient des pôles d’activité. Le Conseil d'Administration, dans sa séance du 5 juillet 2005 a validé cette nouvelle organisation. Elle est opérationnelle depuis le 8 janvier 2007.